Dasar Pentadbiran
Dasar pemerintahan diterima daripada Panglima Agung Japanese Southern Army. Pada peringkat awal, Tanah Melayu digabungkan dengan Sumatera di bawah satu pentadbiran bagi membentuk Kawasan Pertahanan Khas di bawah pasukan tentera Jepun ke-25 yang berpusat di Singapura.
Pada April 1944, pentadbiran Tanah Melayu dan Sumatera diasingkan kerana perbezaan sistem politik dan ekonomi yang ketara di bawah British dan Belanda sebelum perang. Sumatera diletakkan di bawah tentera Jepun ke-25 yang berpusat di Bukit Tinggi, manakala Tanah Melayu di bawah tentera Jepun ke-29 yang berpusat di Taiping, Perak.
Singapura diasingkan daripada Tanah Melayu dan dikenali sebagai Syonan-to, manakala Tanah Melayu dikenali sebagai Malai Baru. Empat negeri Melayu utara, iaitu Perlis, Kedah, Kelantan, dan Terengganu dipindahkan ke bawah pentadbiran kerajaan Thailand.
Sarawak, Sabah, dan Brunei digabungkan menjadi satu unit pentadbiran iaitu Kita Boruneo, diketuai oleh Gabenor Jeneral dan diletakkan di bawah pasukan tentera Jepun ke-37 yang berpusat di Kuching.
Kempeitai ialah pasukan polis tentera yang bertindak ganas, kejam, menyeksa, dan membunuh sesiapa yang disyaki menentang pentadbiran tentera Jepun.
Dasar terhadap Raja-raja Melayu dan Kepimpinan Tempatan
Raja-raja Melayu diiktiraf sebagai ketua dalam hal ehwal agama Islam dan adat Melayu. Mereka diberikan bayaran pencen seperti sebelum perang, tetapi kedudukan sultan diletakkan di bawah pengawasan Gabenor Jepun. Pengiktirafan ini dibuat semasa persidangan Raja-raja Tanah Melayu dan Sumatera di Singapura pada Januari 1943.
Bagi mengatasi kekurangan pegawai serta mendapatkan sokongan penduduk, Jepun memberi peluang kenaikan pangkat kepada pemimpin tempatan yang berpendidikan dan berpengalaman. Jepun juga menubuhkan Koa Kunrenjo di Singapura, Melaka, dan Pulau Pinang untuk melatih serta menanam semangat memperjuangkan cita-cita politik Jepun.